Практически обрезку можно выполнять в период от листопада до начала распускания почек. На юге исключают лишь дни с неблагоприятной погодой (осадки, сильные ветры, морозы ниже минус 2—5°С). В средней зоне плодоводства после обрезки, выполненной осенью и в первую половину зимы, устойчивость растений к низким отрицательным температурам снижается, особенно косточковых пород и молодых деревьев яблони и груши.
На юге осенне-зимнюю обрезку начинают с плодоносящих и вступающих в плодоношение деревьев яблони, наиболее устойчивых к морозам сортов. Затем проводят обрезку в полновозрастных грушевых садах, а в конце февраля — начале марта, когда минует опасность сильных морозов, обрезают айву и затем растения косточковых пород в такой очередности: слива, алыча, вишня, черешня, абрикос, персик, миндаль. Для двух последних пород, особенно персика, лучший срок обрезки — фаза бутонизации, когда размещение будущего урожая в кроне дерева хорошо заметно.
Осенью и в первую половину зимы нельзя обрезать ослабленные деревья, а также проводить омолаживающую обрезку, которая сопровождается нанесением крупных ран.
Молодые деревья часто уходят в зиму недостаточно подготовленными, в результате однолетние ветки нередко подмерзают. Особенно уязвимы молодые деревья косточковых пород и в первую очередь персика, склонного образовывать за один сезон побеги второго и даже третьего порядков. Рост его затягивается до поздней осени. Вот почему раннюю весну, когда хорошо видно состояние каждой ветви, считают наиболее подходящим временем для формирования и обрезки молодых деревьев.